Taman Nasional Bunaken merupakan perwakilan ekosistem
perairan tropis Indonesia yang terdiri dari ekosistem hutan bakau, padang lamun,
terumbu karang, dan ekosistem daratan/pesisir.
Pada bagian Utara terdiri dari pulau Bunaken, pulau Manado
Tua, pulau Montehage, pulau Siladen, pulau Nain, pulau Nain Kecil, dan sebagian
wilayah pesisir Tanjung Pisok. Sedangkan pada bagian Selatan meliputi sebagian
pesisir Tanjung Kelapa.
Potensi daratan pulau-pulau taman nasional ini kaya dengan
jenis palem, sagu, woka, silar dan kelapa. Jenis satwa yang ada di daratan dan
pesisir antara lain kera hitam Sulawesi (Macaca nigra nigra), rusa (Cervus timorensis
russa), dan kuskus (Ailurops ursinus ursinus).
Jenis tumbuhan di hutan bakau Taman Nasional Bunaken yaitu
Rhizophora sp., Sonneratia sp., Lumnitzera sp., dan Bruguiera sp. Hutan ini
kaya dengan berbagai jenis kepiting, udang, moluska dan berbagai jenis burung
laut seperti camar, bangau, dara laut, dan cangak laut.
Jenis ganggang yang terdapat di taman nasional ini meliputi
jenis Caulerpa sp., Halimeda sp., dan Padina sp. Padang lamun yang mendominasi
terutama di pulau Montehage, dan pulau Nain yaitu Thalassia hemprichii,
Enhallus acoroides, dan Thalassodendron ciliatum.
Tercatat 13 genera karang hidup di perairan Taman Nasional
Bunaken, didominasi oleh jenis terumbu karang tepi dan terumbu karang
penghalang. Yang paling menarik adalah tebing karang vertikal sampai sejauh
25-50 meter.
